此时的郡守也披甲上阵，他在不到百人的将士面前斩杀了自己的爱妾，并号召残兵们以死为国殉节。而教军也在教主本人的亲率下包围了这一最后阵地，随着变节的楚军弓箭手将一排排火箭射入衙门内，衙门很快被熊熊烈火所点燃。这些死硬保皇派或是葬生火海，或是从火海中突围时被打靶射杀。

在占领该重要城市后，城中的粮库被打开，存粮被以配给的形式发放给民众，解决了市民在交通断绝下的粮食危机，教会的基层组织很快借助分配粮食这一政策在底层市民中扎根。

而对于特权阶级，宁肇如约展开屠.杀，将未提前投诚的在职官员和贵族及其家属全部搜捕起来，他们的财产和存粮也尽数充公，用做南昌教会政府的经费。

这些权贵们被押在十字路口，处刑之前还有一出公审的戏码。教士允许百姓自由地指控这些权贵，不需要证据，只要能取得其它市民共鸣就当是真的。每有一项指控，教士就对被指控的权贵狠狠地抽鞭子，打得这些平日里养尊处优的贵人皮开肉绽。

其中那些足够恶劣的权贵更是直接被处刑者推到群众里面，让群众活活打死，这样大家都沾了血，与教会成了共犯。

教军这一刑上大夫的残暴行为引起了城中未逃亡儒生知识分子的极大愤慨。他们中硬骨头的一派已经公开批判起了宁肇和教会，软骨头的一派则是脱下了儒袍，装扮成普通老百姓准备择机逃跑。最后还有少数膝盖足够软的儒生选择叛变投敌，主动投奔教会，希望能混个一官半职当当。

针对硬骨头的一派，宁肇的态度是成全他们，全部拖行游街后再枪毙。而对于其它的儒生，宁肇的态度则是积极配合者可以因才授职，不配合者全部留下财物，自个儿滚蛋。

在“南昌屠城”（士绅是这样宣传的）后，江州各地的秩序瓦解进一步增加，本省残余军队几乎无法构成抵抗，反倒是从省外支援来的一些部队还具有战意。

后续的收尾作战一共打到圣历七年四月，所有活跃在江州境内的楚国正规军都已经被消灭或驱逐。江州的失陷使得楚国得另一个行省——荆州与金陵中央的联系被切断，本就多次对楚国边境发动袭击的秦国乘虚而入，攻陷和降伏了荆州大半，教会则占领了荆州剩下的一部分。

虽然战事已经平定，但民众的生产与生活仍旧没有完全恢复，原因是征税征兵带来得负面影响、土匪流寇的频繁活动和乡绅与教会政府之间的冲突。

在乡下放眼望去，遍地是受困于兵灾匪患的穷人，流民到处逃亡，沿街乞讨，被人像撵狗一样到处驱赶。真可谓是“田园寥落干戈后，骨肉流离道路中。”*